Школа филологических наук создана 1 сентября 2020 года на основе двух подразделений факультета гуманитарных наук НИУ ВШЭ — департамента истории и теории литературы и департамента общей и прикладной филологии.

Программа фундаментального филологического образования в НИУ ВШЭ была разработана для организованного в 2011 году факультета филологии. В 2015 году в результате реорганизации факультета была создана школа филологии факультета гуманитарных наук, позднее разделенная на департамент истории и теории литературы и департамент общей и прикладной филологии.

Школа филологических наук объединяет уникальный научный-педагогический коллектив, усилиями которого реализуется образовательная программа бакалавриата «Филология» и ряд магистерских образовательных программ — «Русская литература и компаративистика», «Литературное мастерство», «Языковая политика в условиях этнокультурного разнообразия», «Культурная и интеллектуальная история: между Востоком и Западом», «Современная филология в преподавании литературы в школе».

В соответствии программой развития университета организационные структуры школы филологических наук претерпевают динамичную трансформацию в поиске оптимальных форм сочетания исследовательской и образовательной деятельности в рамках «модели проектного университета».